西元2015年，地球遭受一群来路不明称为“使徒”的巨大战斗武器群的攻击。为了对抗敌人，人类开发了一种泛用的人型决战武器—EVANGELION，并选出真嗣（第三适任者）、绫波零（一）、明日香（二）等几名少年少女担任EVA驾驶员。
为了和老爸赌气，真嗣成为EVA初号机的驾驶员。在第一次的战斗中真嗣因为没有战斗经验险些丧命。但他那种强烈的求生欲望不但使他免于一死，而且还毫发无伤。被美里强拉过来的真嗣正式成为葛城家的同居人。另一方面，个性别扭的真嗣面临新的环境，新的同学，更加的孤僻……不久，真嗣担任EVA操作员的事在学校传开，使他成为风云人物。然而另一个少年却总是愤怒地注视着他。虽然这一切并非真嗣所愿却使真嗣的内心有了反抗的情绪。在一次与“侠徒”作战中，真嗣违抗上级指示，受到责骂。他选取择了逃避……当真嗣再次归队时，他发现自己对绫波零的好奇。
从德国来的天才美少女明日香可以非常灵活地操场纵EVA，但因为她性格超差无法与真嗣配合。经过多日的相处，两人逐渐产生默契，终于共同击倒了来袭的“使徒”。（待续）
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